Я так понимаю, что Дмитрия интересует вопрос, смогут ли с него удержать те суммы, которые работодателя выплатил "по ошибке", при увольнении? Так ведь?
правильно ли поняла, что стоит задача уволиться, но при этом получить полный расчет, без лишних удержаний?

Судя по сказанному, доп. Сумма была вы плачена в белую, и удержание из белой части зарплаты?