Перед тем как вытаскивать поршни из блока цилиндров необходимо проделать проверочные операции по определению кривизны шатунов. В твоем случае я бы сделал так:
1. в нижней мертвой точке (НМТ) еще собранный шатун двигаешь на КВ по оси КВ, взад-перед. Степень свободы какая-то должна быть.
2. Отворачиваешь крышку подшипника шатуна, снимаешь ее. Толкаешь поршень вверх (палкой), не до конца, кольца не должны выпрыгнуть. Потом руками тянешь поршень за шатун и проверяешь как он садится на шейку КВ, не перекашивает ли ее.
3. визуально смотришь на вкладыши, особенно на боковые поверхности шатуна и КВ на предмет потертости. Если шатун погнуло, то могло потереть не шейку КВ а щеки шатуна и КВ.
4. Далее выталкиваешь поршня вверх и смотришь сочленение поршень-палец-шатун. Я бы в любом случае, даже без видимых дефектов поменял бы поршневые пальцы.
Если есть возможность проверить геометрию шатунов на специальном оборудовании в каком нибудь сервисе, то лучше бы это сделать.