Я вижу два варианта...
1. Две раздельные системы, с раздельными емкостями.
2. Две системы канализации, со сливом в одну емкость, но с чем то типа нейтрализатора щелочной среды, перед входом в септик, со стороны слива из моек, душа, ванной, стиральной и посудомоечной машин и т.д.
На мой взгляд - геморройно, затратно, но, в принципе, имеет право на жизнь.