По любому где-то перекрыто, нет циркуляции антифриза в сторону радиатора печки. Срабатывает защита ППП от перегрева, как раз именно три минуты и стоп.
А скажите, странный звук есть в течении этих трех минут работы ППП (типа бурления,бульканья) в патрубках ?